Browse Record

Family Clavicipitaceae
Accession Number F16267
Genus Cordyceps
Species capitata
Species Author (Holmsk.)  Link
Country Canada
Province_State Vancouver,  BC
Location Capilano  River  Regional  Park  Address:  4500  Capilano  Park  Road.  North  Vancouver,  BC  V7R  4L3
Latitude N  49°  21’ 
Longitude W  123°  6’ 
Altitude 90  m
Date 21/10/2006    (DD/MM/YYYY)
GeneBank Accession Number EF530933
Morphological Description
Collector Reid  Olsen
Number ROlsen1
Other Collectors
Determined by Reid  Olsen
Host Substratum Not  Located
Notes Sample  was  stalked  with  a  glossy  cap,  approximately  7  cm  from  base  to  cap.  The  substrate,  on  or  from  which  sample  was  growing,  was  not  recovered.    The  stalk  was  light-yellow  and  semi-wrinkled  with  corrugations  running  vertically.  The  cap  was  globular,  approximately  1  cm  in  diameter,  and  harder  than  the  stalk  with  light-to-dark  brown  coloration  and  darkened  papules  in  a  repeating  grid-like  motif.  Cross  sectioning  of  the  cap  revealed  that  the  cap  tissue  was  superficial,  and  that  the  outer  veneer  was  most  likely  the  fertile  stromal  tissue.  Cross  sectioning  of  the  stem  revealed  a  consistent  color  and  texture  throughout.  Microscopy  of  the  cap  revealed  elongate  thin  fibrous  structures  (perithecia)  emerging  from  the  darkened  papules  like  thin  thread-like  ascospores. 

BLAST  sequence  analysis  using  a  corrected  sequence  of  615  base  pairs  returned  a  list  of  potential  ID  sequences  with  high-fidelity  and  score.  The  list  was  dominated  by  those  of  the  Cordyceps  variety,  suggesting  a  high-level  of  conservation  within  the  sequence.  At  the  top  of  the  list  was  Cordyceps  inegoensis  genes  for  18S  rRNA,  5.8S  rRNA,  28S  rRNA,  partial  and  complete  sequences,  with  a  score  of  1078  bits  and  97%  fidelity  (16  mismatches—either  gaps  or  base-pair  inconstancy).  In  a  limited  journal  and  online  resource  search,  no  morphological  descriptions  or  pictures  of  C.  inegoensis  could  be  found.  Further  research  into  the  dirverse  Cordyceps  produced  a  plethora  of  images  bearing  resemblance  to  the  sample  collected,  most  notably  C.  canadensis  and  C.  capitatas.  A  distance  tree  of  the  results  displaying  fast  minimum  evolution  placed  the  C.  capitas  28  S  ribosomal  subunit  gene  closest  to  the  sample.  A  search  for  C.  canadensis  returned  no  listed  sequence.  The  results  for  the  Cordyceps  capitata  genes  for  18S  rRNA,  5.8S  rRNA,  28S  rRNA,  partial  and  complete  sequences  gave  a  score  of  1027  bits  and  96%  fidelity—compared  to  the  28s  rRNA  only,  which  gave  a  score  of  878  bits,  and  a  99%  fidelity.

The  region  of  homology  between  the  sample  and  the  sequence  for  the  28s  rRNA  of  C.  capitatas  was  454  bp  in  length,  and  when  the  sample  sequence  was  truncated  to  only  include  this  region,  the  28s  rRNA  of  C.  capitatas  was  the  top  result,  the  C.  inegoensis  rRNA  ranking  6  spots  below,  with  a  lowered  score  of  809.  The  results  suggest  that  the  initial  higher  score  of  the  C  inegoensis  was  due  to  a  large  sequence  to  score  against  the  sample  sequence  than  the  C.  capitatas  28s  sequence—this  is  further  supported  by  the  fact  that  the  C.  inegoensis  sample  sequence  contained  the  28s,  5.8s  and  28s  rRNA  and  therefore  the  ITS  regions.  While  both  possess  considerable  regions  of  homology,  fidelity  between  C.  capitatas  and  the  sample  were  higher,  which  suggests  a  stronger  phyleogenetic  relationship,  as  supported  by  the  distance  tree.  This  suggests  to  me,  that  if  the  sample  is  NOT  C.  capitatas,  it  is  closer  related  to  C.  capitatas  than  C.  inegoensis. 
Habitat Sample  was  found  growing  from  the  duff  layer  adjacent  to  a  felled  Cedar  tree.  Other  trees  of  note  growing  nearby  include  Douglass  fir.  A  smaller  identical  fungal  sample  was  growing  one  quarter  of  a  cm  apart  from  the  sample  collected. 
DNA  sequence  in  GeneBank
Name  of  Sequencer
Specimen Images
Image of reid.jpg
Cap  shape  when  mature
phylum Ascomycota
material  collected perithecium
morphology  summary Material  collected:  perithecium
Time  Modified 11:16:13
Date  Created 24/11/2006
mycology project ID 210